音程がずれていることに気づくのは、ご本人が気づくよりも先に周囲からの指摘で気づくことが多いと考えられます。音程がずれていることを、お母様がお子様に伝えなかったとしても、成長と共に（小学校高学年頃にもなれば）お友だちなど周囲から言われて気づくことがあるもしれません。

小学2年生ですと、まだまだ成長段階ですし、過度な心配は不要かと思いますが、お母様からは「音痴」という言葉をストレートに伝えるのではなく、まずはお子様の大好きなうたや曲をＣＤなどできかせてあげて、「このうた（曲）に音をあわせてうたってみようか」と促し、一緒にうたってみられてはいかがでしょうか。
うたう際には「○○ちゃんの声よりここはもう少し高い（低い）音だね」というような声かけを繰り返しながら、お手本になるうたや曲をよく聴き、音にあわす、ということをたくさん経験されると良いと思います。
自分の声以外の（周囲の）音に興味をもち、よく聴くことが大切です。多くは繰り返し「聴く」ことで音のずれは少なくなってくるでしょう。

もう少し大きくなって、それでもやはり音程のずれが気になり、どうしても直したい、ということでしたら、最終的には専門家にレッスンを受けられるのが良いでしょう。